A questão desta hidrovia tem sido muito problemática e conflitiva uma vez que a mesma atravessará várias áreas indígenas de povos distintos (Xavantes, Karajás, e outros), na região denominada Araguaia no nordeste mato-grossense. No entanto este não é o único problema da questão, mas também como o processo vem sendo conduzido, pois constatou-se evidências de fraude no Estudo de Impacto Ambiental (EIA/Rima) apresentado pela CDP (Companhia Docas do Pará) ao Ibama durante o processo de licenciamento. A fraude evidenciada no EIA/Rima consiste na supressão de importantes trechos dos relatórios elaborados pelos antropólogos e biólogos da equipe técnica que comprovam a gravidade dos impactos ambientais das obras de dragagem e derrocamento nos rios sobre as comunidades indígenas que habitam a região do Araguaia e do Rio das Mortes.
A CDP vem tentando derrubar a decisão judicial que suspende o processo de licenciamento ambiental e as audiências públicas da Hidrovia Araguaia-Tocantins; alegando que a realização das audiências públicas causaria grave lesão à ordem e à economia pública, na medida em que a cada dia de atraso na implementação da hidrovia, prejuízos de até 1,5 milhão de reais estariam sendo suportados pela nação brasileira, que deixaria de ganhar em melhoria de vida face ao atraso das obras.
No entanto as cinco medidas liminares concedidas por juízes diferentes em lugares distintos não podem representar apenas um "obstáculo" ao "desenvolvimento" da região; em contrário, apenas consolidam as suspeitas de que a conduta da CDP vem de fato ferindo a legislação ambiental e os direitos das populações ribeirinhas e indígenas.
O FORMAD em si não tem acompanhado o processo mas algumas de suas afiliadas sim. Em abril foi realizada uma Audiência Pública organizada pelos setores populares, CPT Araguia, Associações Indígenas e STRs da região, onde foi analisado o processo e tirado a indicação da necessidade de um monitoramento sistemático do processo, no entanto por falta de condições, o necessário acompanhamento não se efetiva. Afinal o FORMAD tem sido o sujeito político de maior peso nos processos no enfrentamento das políticas públicas socioambientais e não tem tido folego para dar os encaminhamentos necessários.
A mesma situação ocorreu com a hidrovia Paraguai – Paraná, onde o conjunto das organizações do Formad não acompanhou de perto o processo. Entre suas filiadas têm algumas que acompanharam de perto o programa. Após muitas críticas e pareceres contrários o governo federal suspendeu o projeto, no entanto o governo do estado em parceria com setores privados, nacionais e internacionais vem tentando implementar o projeto por pedaços. Assim está tentando construir o Porto de Morrinhos e Cáceres o que significa a retomada do projeto da hidrovia.
